研究项目
瑞典山杨群体 SwAsp 的氮利用效率研究
2023年 - 2026年
- 在 UPSC 的 Wallenberg 表型平台完成 336 株个体、112 个基因型、12 个种源的高通量表型测定。
- 测量生物量相关性状，包括株高、茎粗及叶、茎、根干重。
- 分析氮代谢相关性状，包括组织含氮量。
- 基于约 600 万 SNP 进行 GWAS，采用混合线性模型并校正群体结构及纬度协变量。
- 通过 15N 吸收实验和嫁接实验开展功能验证。
草莓防御预激与气候适应的表观遗传机制
2018年 - 2023年
- 研究无性和有性繁殖产生的二倍体草莓生态型在不同温度条件下的开花期和匍匐茎形成差异。
- 构建转录组和甲基化组数据集，鉴定差异表达基因和差异甲基化基因。
- 开展差异基因的功能分析和网络分析。
- 针对不同纬度生态型开展 EWAS、meQTL 和甲基化多态性分析。
大豆生育期基因 E1 作用机制研究
2014年 - 2016年
- 分析 E1 超表达植株与野生型之间的转录组差异，并进行 qPCR 验证。
- 验证小 RNA 测序和长链非编码 RNA 测序结果。
- 比较差异表达基因在不同组织、生长阶段和大豆品种中的表达模式。
- 构建推测的光周期通路基因 GmSPL3b 的拟南芥过表达材料。
方法与分析
- WGBS 与 DNA 甲基化分析，包括 DMR 鉴定、甲基化组图谱和温度相关表观变化分析。
- 从基因型或甲基化数据质控到关联分析的完整 GWAS / EWAS 流程。
- RNA-seq、scRNA-seq 和 snRNA-seq 分析，包括聚类、差异表达和多组学整合。
- 利用 Manhattan plot、Q-Q plot、Circos、ComplexHeatmap、ggplot2 和 CMplot 进行可视化。