助理研究员 | 植物表观遗传、单细胞组学与生物信息学
English

张宇鹏

Yupeng Zhang

中国，山东潍坊

我目前在北京大学现代农业研究院担任助理研究员，从事植物表观遗传学与生物信息学研究。研究方向包括 DNA 甲基化、转录组学、GWAS/EWAS、单细胞与单核组学，以及作物和园艺植物中的多组学分析。我尤其关注表观遗传记忆、气候适应、防御预激、氮利用效率及植物基因组学计算方法。

查看简历摘要 联系

研究方向

  • 植物表观遗传与表观遗传记忆
  • DNA 甲基化、甲基化组与 WGBS 分析
  • 单细胞与单核组学
  • GWAS、EWAS 与统计基因组学
  • 多组学整合

当前研究重点

植物表观遗传、单细胞组学、气候适应、防御预激以及农业和园艺系统中的氮利用效率。

技术优势

生物信息学流程开发、甲基化组与转录组分析、单细胞数据分析、统计基因组学和科研数据可视化。

研究经历

助理研究员

北京大学现代农业研究院

2026年2月 - 至今

博士后研究员

于默奥植物科学中心（UPSC）/ 瑞典农业大学（SLU）

2023年9月 - 2026年1月

博士期间研究员

奥斯陆大学 / 挪威生物经济研究所

2018年5月 - 2023年5月

研究助理

中国科学院东北地理与农业生态研究所

2014年7月 - 2016年7月

教育经历

植物表观遗传学博士

奥斯陆大学 / 挪威生物经济研究所

挪威，奥斯陆 / 阿斯

2018年5月 - 2022年12月

遗传学硕士

中国科学院大学 / 东北地理与农业生态研究所

中国，北京 / 哈尔滨

2013年9月 - 2016年7月

生物工程学士

华中农业大学

中国，武汉

2009年9月 - 2013年6月

代表性论文

Unraveling Nitrogen Uptake and Metabolism: Gene Families, Expression Dynamics, and Functional Insights in Aspen (Populus tremula)

Tree Physiology · 2025

DOI: 10.1093/treephys/tpaf099

Warmer temperature during asexual reproduction induce methylome, transcriptomic and lasting phenotypic changes in Fragaria vesca ecotypes

Horticulture Research · 2023

DOI: 10.1093/hr/uhad156

Methylome, transcriptome, and phenotype changes induced by temperature during sexual reproduction in Fragaria vesca

Physiologia Plantarum · 2023

DOI: 10.1111/ppl.13963

Major transcriptomic differences are induced by warmer temperature conditions experienced during asexual and sexual reproduction in Fragaria vesca ecotypes

Frontiers in Plant Science · 2023

DOI: 10.3389/fpls.2023.1213311

Functional Conservation and Diversification of the Soybean Maturity Gene E1 and its Homologs in Legumes

Scientific Reports · 2016

DOI: 10.1038/srep29548

Diurnal Expression Pattern, Allelic Variation, and Association Analysis Reveal Functional Features of the E1 Gene in Control of Photoperiodic Flowering in Soybean

PLOS ONE · 2015

DOI: 10.1371/journal.pone.0135909

核心技能

生物信息学

  • GWAS / EWAS 流程
  • RNA-seq、scRNA-seq 与 snRNA-seq 分析
  • DNA 甲基化、WGBS 与 DMR 分析
  • 多组学整合
  • 群体遗传学与统计基因组学

常用工具

  • PLINK
  • QTLtools
  • GEMMA
  • GAPIT
  • GCTA
  • OSCA
  • Bismark
  • methylpy
  • DSS
  • scanpy
  • Seurat

编程与可视化

  • R（tidyverse, lme4, qqman, GAPIT, ggplot2, ComplexHeatmap）
  • Python（pandas, scanpy, anndata, statsmodels）
  • Bash 与 Slurm/HPC 工作流
  • Circos
  • CMplot